司马懿在后期杀人不眨眼。而他没有想到，他的后代们也几乎被杀绝了。
刘裕本人生性残忍，做事向来决绝不考虑历史影响更不在乎自己的名声。
他连无辜平民都可以肆意屠杀，甚至对白痴皇帝司马德宗都下得去手，何况是对智力健全且对自己子孙后代有威胁的司马德文。
义熙十一年（415年），刘裕收杀司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖，并出兵讨伐司马休之，自加黄钺，领荆州刺史。
司马休之则上表刘裕罪状，派兵抵抗。当时雍州刺史鲁宗之自感不被刘裕所容，故与司马休之联结，合兵反击刘裕。
刘裕前锋徐逵之初战败于鲁轨，众将除蒯恩外皆战死，刘裕大怒。
然而当他到时，鲁轨及司马文思率军在悬岸峭壁上列阵，令刘裕难以登岸。
刘裕与部将胡藩率兵冒险攀登，司马文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸进攻，终击溃司马休之的军队。
四月，刘裕击败司马休之军四万人，攻克江陵，直捣襄阳，荆、扬二州尽被刘裕吞并，司马休之及鲁宗之北投后秦。
刘裕在任期间，对东晋以来的一系列弊政进行了全面的改革，集权中央，整顿吏治，体恤民情，轻徭薄赋，废除苛法。
赈济穷人，减轻人民负担，亲自听讼，兴学校，策试诸州郡秀才。又实施“义熙土断”，打击豪强，抑制兼并。为“元嘉之治”打下坚实的基础。
明末清初思想家王夫之认为，刘裕是汉以后，唐以前的历史中一位非常有作为的皇帝 。
在刘裕代晋建宋前，前代的禅位君主都得以保全性命。而至刘裕称帝后，晋恭帝司马德文被降为零陵王。
仅在一年后，刘裕便派亲兵将其用棉被闷死。正如胡三省所评：“自是之后，禅让之君，罕得全矣”。此后相沿成习，禅位的君主都保不了性命。
而颇具讽刺意味的是，在刘宋末年，齐王萧道成要求宋顺帝刘准禅位，并且派部将王敬则率军进宫。
刘准对王敬则说：“准备杀死我吗？”王敬则说：“只是让您到另外的宫殿中居住罢了。您家先前取代司马氏一家（指刘裕代晋建宋事）也是这样做的。”
刘准明白已无存活的可能，便流泪说：“但愿我今后生生世世永远不再生在帝王家中！”萧道成称帝不久后，刘准便被杀害。
